En 1914, Milo Thatch , un archéologue intelligent mais maladroit et empoté, travaille dans un musée à Washington D.C. Ce fut son grand-père qui l'éleva. Celui-ci, décédé depuis peu, était un grand explorateur. Le grand rêve du jeune homme est de continuer le travail de son grand-père et de trouver l'Atlantide. Il en a l'opportunité grâce au vieux et riche excentrique, Preston Whitmore, ami de son grand-père. Ce dernier a en sa possession un livre mythique indéchiffrable. Ce recueil contient de nombreux textes et cartes écrits dans une langue que Milo connaît. Il s'agit de l'atlante, la langue parlée à Atlantide. Inspiré par tous les secrets que renferme ce livre, Milo sent en lui renaître le désir ardent de découvrir cet endroit utopique. Par ailleurs, Preston est le propriétaire d'un immense sous-marin et a recruté une équipe d'aventuriers pour explorer l'océan avec le meilleur équipement qui soit : Capitaine Rourke, Dr. Gentil , Helga et quelques autres. Pendant leur recherche, ils sont attaqués par des calamars géants et leur sous-marin est obligé de les suivre vers Atlantide, habitée par des humanoïdes vieux de 5000 ans. Là, Milo rencontre la Princesse Kida. Et c'est à ce moment qu'il s'aperçoit que son équipe est une bande de mercenaires qui cherche à tuer tous les atlantes et à voler leur cristal de vie sans quoi ils ne peuvent pas vivre....
